Từ năm 1997 – năm 2001: Sinh viên Đại học Kinh tế Quốc dân, Bí thư Chi Đoàn B1 – K39, Bí thư Chi đoàn Ngân hàng 39C, Ủy viên BCH Liên Chi đoàn Ngân hàng – Tài chính.[1]

Từ năm 2001 – năm 2003: Học viên Chương trình cao học về Quản trị Tài chính.

Từ năm 2002 – năm 2004: Cán bộ Phòng Quản lý khoa học, Đại học Kinh tế Quốc dân.

Từ năm 2004 – năm 2007:

• Cán bộ Phòng Quản lý khoa học, Giảng viên Khoa Ngân hàng – Tài chính, Đại học Kinh tế Quốc dân.
• Ủy viên Ban Thường vụ, Trưởng ban chuyên môn Đoàn trường Đại học Kinh tế Quốc dân.

Từ năm 2007 – tháng 6 năm 2009:

• Cán bộ Phòng Quản lý khoa học, Giảng viên Khoa Ngân hàng – Tài chính, Đại học Kinh tế Quốc dân.
• Giám đốc Trung tâm đào tạo, bồi dưỡng về Ngân hàng, tài chính và chứng khoán, Đại học Kinh tế Quốc dân.
• Ủy viên Ban chấp hành Trung ương Đoàn TNCS Hồ Chí Minh (khóa IX), Ủy viên Ban Thường vụ Thành đoàn Hà Nội (khóa VIII), Bí thư Đoàn trường Đại học Kinh tế Quốc dân.

Từ tháng 6 năm 2009 – tháng 1 năm 2010:

• Ủy viên Ban chấp hành Trung ương Đoàn (khóa IX), Phó Trưởng ban Thanh niên trường học Trung ương Đoàn.
• Ủy viên Ban Thư ký Trung ương Hội Sinh viên Việt Nam (khóa VIII), Giám đốc Trung tâm hỗ trợ và phát triển Sinh viên Việt Nam.

Từ tháng 2 năm 2010 – tháng 9 năm 2011: Ủy viên Ban chấp hành Trung ương Đoàn (khóa IX), Phó Chánh Văn phòng Trung ương Đoàn, Thư ký Bí thư thứ nhất Ban chấp hành Trung ương Đoàn TNCS Hồ Chí Minh.

Từ tháng 10 năm 2011 – tháng 12 năm 2011: Ủy viên Ban chấp hành Trung ương Đoàn (khóa IX), Phó Trưởng ban Thanh niên Công nhân và Đô thị Trung ương Đoàn.

Từ tháng 1 năm 2012 – tháng 6 năm 2012:

• Ủy viên Ban chấp hành Trung ương Đoàn (khóa IX), Quyền Trưởng ban Thanh niên Công nhân và Đô thị Trung ương Đoàn.
• Bí thư chi bộ Ban Thanh niên Công nhân và Đô thị Trung ương Đoàn.

Từ tháng 7 năm 2012 – tháng 1 năm 2013:

• Ủy viên Ban Thường vụ Trung ương Đoàn (khóa IX, khóa X), Trưởng ban Thanh niên Công nhân và Đô thị Trung ương Đoàn.
• Bí thư chi bộ Ban Thanh niên Công nhân và Đô thị Trung ương Đoàn.
• Ủy viên Ủy ban Trung ương Hội Doanh nhân trẻ Việt Nam.

Từ tháng 2 năm 2013 - đến nay:

• Ủy viên Ban Thường vụ Trung ương Đoàn (khóa X), Chánh Văn phòng Trung ương Đoàn.
• Ủy viên Ban Thường vụ Đảng ủy Trung ương Đoàn, Trưởng ban Dân vận Đảng ủy Trung ương Đoàn, Bí thư Đảng bộ Văn phòng Trung ương Đoàn.
• Phó Chủ tịch Hội đồng Thi đua – Khen thưởng Trung ương Đoàn.
• Phó Trưởng ban Thường trực ban chỉ đạo đổi mới và sắp xếp doanh nghiệp nhà nước Trung ương Đoàn.
• Trưởng ban Biên tập Cổng thông tin điện tử của Đoàn TNCS Hồ Chí Minh.
• Ủy viên Ban thư ký Ủy ban Quốc gia về Thanh niên Việt Nam.
• Ủy viên Ủy ban Trung ương Hội Doanh nhân trẻ Việt Nam.

Chiều ngày 18 tháng 8 năm 2014, tại Hội nghị Ban chấp hành Trung ương Đoàn lần thứ sáu – khóa X đã bầu bổ sung đồng chí Nguyễn Anh Tuấn làm Bí thư Trung ương Đoàn khóa X, nhiệm kỳ 2012 - 2017.[2]

Từ tháng 11-2017, anh là Bí thư Thường trực Trung ương Đoàn khóa XI, nhiệm kỳ 2017 - 2022.[2]

Ngày 11 tháng 12 năm 2019, anh được Đại hội đại biểu toàn quốc Hội Liên hiệp Thanh niên Việt Nam lần thứ VIII, nhiệm kỳ 2019 - 2024 hiệp thương cử chức danh Chủ tịch Hội Liên hiệp Thanh niên Việt Nam khóa VIII.

Ngày 11/11/2020, Hội nghị Ban Chấp hành Trung ương Đoàn khóa XI đã bầu đồng chí Nguyễn Anh Tuấn giữ chức Bí thư thứ nhất Trung ương Đoàn TNCS Hồ Chí Minh.